وتعود حالات التوتر في العلاقات بين أرفع مسؤول سعودي بعد الملك عبد الله ابن عبد العزيز، إلى بداية تولي الملك محمد السادس الملك عام 1999، عندما أقال الملك بطريقة مفاجئة صديق وزميل الامير نايف، الوزير الراحل إدريس البصري من وزارة الداخلية، حيث ظلت تجمعهما علاقات زمالة منذ توليهما رآسة وزارتي الداخلية في بلديهما منذ عام 1975. وزاد من توتر العلاقات بين الأجهزة الأمنية المغربية والسعودية التي يشرف عليها الأمير نايف، إعلان السلطات الأمنية المغربية اعتقال ثلاثة سعوديين بتهمة الإرهاب عام 2002 حتى قبل إبلاغ الحكومة السعودية باعتقالهم. وعندما خرج إدريس البصري إلى فرنسا وانتهت مدة صلاحية جواز سفره سارع الأمير نايف إلى إصدار جواز دبلوماسي سعودي له.
وفي الفترة الأخيرة عندما تولى الأمير نايف ولاية العهد خلفا لشقيقه الأمير سلطان، حضر إلى المغرب عائدا إليها من رحلة علاجية من أمريكا لقضاء فترة نقاهة، إلا ان الأمير السعودي، وحسب ما أبلغته مصادر مطلعة لموقع "لكم. كوم"، لم يجد في استقباله ما يليق بمقامه كولي للعهد رغم أن زيارته كانت خاصة، مما حمله على مغادرة المغرب في اتجاه الجزائر لقضاء فترة نقاهته بها فوجد في استقباله الرئيس الجزائري عبد العزيز بوتفليقة.
